惊厥发作（癫痫）
研究显示，有超过三分之一的自闭症患者会出现惊厥发作，常常在儿童早期或青春期发病。由于大脑异常放电引起的发作可以产生暂时的意识丧失，身体抽搐，不受控制的躯体活动或双眼凝视。有时睡眠不足或高热也会成为发病诱因。脑电图可以记录不规则电活动或癫痫发作电波。
自闭症患者可能会发生多种类型的发作。最容易识别的是大发作（阵挛性发作）。其它类型还有小发作（或失神发作）和亚临床癫痫发作。特别失神发作时，学校老师或工作人员往往是第一个注意到的，当发现孩子出现异常时要第一时间通知家长，并建议家长带小孩去做相关检查。
反复惊厥发作称为癫痫，通常抗惊厥药物治疗可以减少发作的频率，甚至消除发生。对于有发作病史的学生，最重要的是学校老师和家长能够及时识别发作，并且能够做出恰当的处理，并确保其在发作时的生命安全。给小孩用治疗癫痫的药物时，家长要熟悉癫痫药物可能引起的任何副作用。
过敏，胃肠道疾病和疼痛
许多患儿家长跟医生反应他们的孩子存在胃肠道疾病，主要是肠道消化吸收功能很差，经常腹泻便秘。医学界对孤独症患儿的胃肠道问题已经进行了长时间研究，医生们认为部分孤独症患者与胃肠道疾病共存，虽然可以治疗，减轻病痛，但是却无法治愈。患有胃肠道疾病的孤独症儿童人数虽然无法确定，但专家建议，如果家长想减轻患儿病症，他们应该咨询相关医生，告知医生患儿的真实病情，并请求医生制定适合患儿病情的饮食方案。一般孤独症患者常规的饮食包括的非乳制品和去除麸质的食品。家长要做到的是保持患儿饮食的持续性。
组织能力和注意力
孤独症患者面临组织困难的巨大挑战，无论对自身还是在与周围世界的互动中都存在这种问题。虽然有自闭症的学生可能制定一个精心设计的协会，以帮助构建他的世界观（即A=红色，B=*色，C=黑色等），但许多这些仪式性的模式并不遵循社会雇佣的组织模式。此外，自闭症患者对别人感兴趣或者注重的事物是非常难以产生
